骆亦其教授2002年受聘于复旦大学，任“长江计划”特聘讲座教授。针对长江流域面临的植被破坏、水土流失、水体污染、大型水利工程建设以及物种入侵和生物多样性丧失等诸多环境问题，结合复旦大学生物多样性科学研究所的学科发展方向和本人在全球变化和C、N循环方面的研究优势，骆亦其教授提出从全流域的角度研究长江的水、碳、氮循环的机理并建立模型，从而揭示河口湿地生态系统结构和功能变化与全流域环境变化的关系，进而深入了解河口湿地生态系统变化的内在原因。

近期的研究重点在河口湿地生态系统的生物地球化学循环过程、大型水利工程对生态系统的影响、长江流域水循环的模拟。

通过这些研究工作，力求揭示长江流域重大生态问题发生的过程与机制，提出防治对策。同时训练出一支高水平的、多学科背景的科研队伍，培养一批有国际学术眼光的中青年生态学家，最终将复旦大学生态学科点建成国际一流的学科点。